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分子動(dong)力學大多(duo)為(wei)數(shu)據并行(xing)計(ji)算(suan)，這非常適合(he)在(zai)GPU（圖形處理單(dan)元）上運(yun)行(xing)，現在的GPU包含(han)數千(qian)個運(yun)算單元，可(ke)以(yi)用(yong)來計算密集型的科學應用(yong)，為分子建模提供巨大的加速。有(you)效(xiao)的GPU計算(suan)的關鍵是數據并行(xing)算(suan)法， 目前常見的分子動(dong)力學軟件NAMD, VMD, LAMMPS, AMBER, GROMACS等均已(yi)發布(bu)支持GPU計(ji)算的(de)(de)版本(ben)，科研人員在不(bu)修(xiu)改軟件的(de)(de)情況下，利用(yong)GPU可以立即獲(huo)得7-10倍于主流CPU的計(ji)算(suan)速度。
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